WonDrug verwendet ein Verfahren zur chemo-enzymatischen Darstellung von zyklischen und makrozyklischen Peptiden (chemoenzymatic-solid-phase-synthesis; CSS). Das Merkmal vieler NRPs ist ihre zyklische bzw. verzweigt zyklische Struktur. Diese, für die Aktivität essentiellen, strukturellen Restriktionen werden unter der katalytischen Kontrolle sogenannter Terminationsdomänen (Cyclase) in lineare, NRPS-gebundene Vorläufer-Moleküle eingeführt.
Cyclasen sind normalerweise integraler Bestandteil des jeweiligen katalytischen Montagebandes, können jedoch auch losgelöst aus dem Multienzym-Komplex die Freisetzung und Makrozyklisierung von Matrix-gebundenen Peptiden katalysieren. Aufgrund der hohen Regio- und Stereoselektivität der Cyclasen können hierbei selbst aus synthetischen Peptid-Bibliotheken gezielt Strukturen gebildet werden, die auf chemischem Wege nicht oder nicht ohne weiteres darstellbar wären. Die CSS-Technologie verbindet daher die Vorzüge einer chemischen Festphasensynthese (» große Bibliotheken linearer Peptide) mit der Regio- und Stereoselektivität von Enzym katalysierten Reaktionen.
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